La phase de définition du modèle conceptuel constitue l'élément central du travail d'évaluation des risques. Dans TerraSys™, le modèle conceptuel ne désigne pas seulement la représentation graphique de l'écosystème à modéliser; il inclut également toutes les valeurs de variables requises pour les modélisations. C'est le modèle conceptuel qui identifie les récepteurs écologiques pour lesquels les risques doivent être estimés et qui définit les interactions écologiques entre ces éléments.